Não há sombra de dúvida que o biodiesel rende diversos benefícios – tanto de ordem econômica quanto social – para o país. Alguns desses benefícios, no entanto, são bem mais complicados de medir e, por isso, quase nunca entram nos processos de tomada de decisão oficiais. São as chamadas externalidades e podem reescrever completamente a lógica do setor.